Le microbiome des humains ou des animaux existe sur toutes les surfaces du corps, y compris la bouche, les intestins, le vagin, la peau et les yeux. Principalement composé de bactéries, il comprend également des champignons, des levures et des virus. En moyenne, une personne héberge plus de 30 billions de cellules bactériennes, dont la plupart sont situées dans le gros intestin. Chaque individu possède un microbiome unique avec une combinaison spécifique de micro-organismes.